長約幾百個核苷酸對，是通常位于啟動子同正調控元件（增強子）或負調控因子（為異染色質）之間的一種調控序列。絕緣子本身對基因的表達既沒有正效應，也沒有負效應，其作用只是不讓其他調控元件對基因的活化效應或失活效應發(fā)生作用。
絕緣子的作用是有方向性的，這是在果蠅實驗中發(fā)現(xiàn)的。果蠅（D.melanogaster）的黃色基因座y上插入轉座子gypsy后，會造成有些組織中的y基因失活，但有些組織中y基因仍然有活性，其原因在于轉座子gypsy的一端有一個絕緣子序列。當gypsy在》／基因座的不同位置上插入時，對基因的活性有不同的效應。這是因為y基因的活性受4個增強子調控，當絕緣子正好插在啟動子的上游時，就在翅肩（wing blade）和軀體上皮（body cuticle）組織中阻斷基因的活化（來自上游的增強子），但不阻斷在剛毛（bristles）和跗足（farsal claws）組織中y基因的表達（來自下游的增強子）。
由于有些增強子位于啟動子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此，對絕緣子效應的方向性的原因還沒有真正弄清楚。目前已發(fā)現(xiàn)有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能?；騍2J（Hw）編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結合后才有絕緣作用。當該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在所有組織中都表達。另一個基因座是mod（mdg 4），該基因發(fā)生突變后，其效應正好與Su（Hw）相反，即這些突變型都增強了絕緣作用，使絕緣子的絕緣效應不再有方向性而得到擴展，也就是阻斷了上游和下游兩側的增強子的效應。有一種解釋認為先是Su（Hw）同絕緣子DNA結合后，使絕緣子有絕緣效應。mod（mdg4）同Su（Hw）結合，使絕緣子失去絕緣效應；突變的mod（mdg4）不能同Su（Hw）結合，于是絕緣子又增強了絕緣作用。
